У меня нетбук S10-3 со встроенным 3Gмодемом стоить SIM карта "Мегафона". Есть ли программы позволяющие совершать и принимать звонки с этой SIMки через встроенный микрофон и динамики?

Skype.

Я имел ввиду использовать нетбук как сотовых телефон

Вряд ли получится. Обычно SIM карты для передачи данных не поддерживают голосовые сообщения, чтобы можно было пользоваться как телефоном.
Остаётся только Skype и ему подобные для ip телефонии.

встренный модем не заточен под звонки, только смс.

Helgi2002
у мегафона тарифный план для инета "мегафон-логин", с него можно совершать звонки.
в уральском регионе цена минуты разговора 1,6 рублей.
что каксаемо билайна, там да, звонить нельзя..
у мтс тоже можно звонить...

Для того, чтобы совершать звонки с модема, он должен быть голосовым (voice). Тариф sim-карты - это уже дело второе.